A Genomic Analysis Of Paenibacillus Macerans ATCC 8244, A Gram Positive Nitrogen Fixing Bacterium
Paenibacillus macerans ATCC 8244 adalah bakteria pembentuk spora jenis Gram-positif yang berkemungkinan mempunyai kebolehan metabolik yang paling luas antara ahli genus Paenibacillus. P. macerans boleh melakukan fermentasi gula heksosa, pentosa, selulosa dan hemiselulosa. Di samping itu, keupayaa...
Saved in:
| Main Author: | |
|---|---|
| Format: | Thesis |
| Language: | English |
| Published: |
2016
|
| Subjects: | |
| Online Access: | http://eprints.usm.my/32093/1/AHMAD_YAMIN_BIN_ABDUL_RAHMAN_24%28NN%29.pdf http://eprints.usm.my/32093/ |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Summary: | Paenibacillus macerans ATCC 8244 adalah bakteria pembentuk spora jenis
Gram-positif yang berkemungkinan mempunyai kebolehan metabolik yang paling
luas antara ahli genus Paenibacillus. P. macerans boleh melakukan fermentasi gula
heksosa, pentosa, selulosa dan hemiselulosa. Di samping itu, keupayaan untuk
mengikat nitrogen mewujudkan potensi agronomi. Kajian ini mengemukakan satu
pendekatan genomik menyeluruh untuk pencirian mikroorganisma ini. Analisis
filogenomik menunjukkan bahawa genom terdekat yang dikenalpasti adalah P.
macerans strain ZY18 dengan identiti 98 peratus. Perhimpunan draf genom
menghasilkan sejumlah 7.305.296 pasangan bes (bp) yang dibentuk oleh 97
perancah. Nilai N50 bagi perancah adalah 157,355 bp. Saiz purata perancah adalah
75,312 bp dan nisbah GC purata genom draf adalah 53.14%. Ramalan dan anotasi
gen yang dibuat pada peringkat perancah menghasilkan 6953 jujukan pengekodan.
Ini termasuk 85 gen tRNA dan 9 gen rRNA.
Paenibacillus macerans ATCC 8244 is a Gram-positive, spore-forming
bacterium with possibly the widest metabolic capabilities among the Paenibacillus
genus. It is able to perform fermentation of hexoses, deoxyhexoses, pentoses,
cellulose, and hemicelluloses. In addition, its ability to fix nitrogen creates an
agronomic potential. This study presents a whole genomic approach to give a
holistic view of the features of this microorganism. A phylogenomic analysis
revealed that the nearest genome identified was Paenibacillus macerans strain
ZY18 with 98 percent identity. The draft genome assembly yielded a total of
7,305,296 base pairs (bp) formed by 97 scaffolds. The N50 value of the scaffold was
157,355 bp. The average scaffold size was 75,312 bp and the average GC ratio of the
draft genome was 53.14 %. Gene prediction and annotation performed at the scaffold
level yielded 6953 coding sequences. These included genes for 85 tRNAs and 9
rRNAs. |
|---|