Computer-based characterization of primate endogenous retrovirus in human genome project

Melalui experiment ini, jujukan penuh primate endogenous retrovirus telah dijumpai dari Pangkalan Data projek Genom Manusia. Nombor akses jujukan tersebut ialah gb|AC025420. 26|, dan telah dipancing keluar oleh prob virus monyet Mason-Pfizer. Bit skor untuk gb1AC025420.261 ialah 211 dan Nilai E ial...

Full description

Saved in:
Bibliographic Details
Main Author: Chow, Jia Long
Format: Academic Exercise
Language:English
Published: 2008
Online Access:https://eprints.ums.edu.my/id/eprint/19832/1/Computer-based%20characterization%20of%20primate%20endogenous%20retrovirus%20in%20human%20genome%20project.pdf
https://eprints.ums.edu.my/id/eprint/19832/
Tags: Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
id my.ums.eprints.19832
record_format eprints
spelling my.ums.eprints.198322018-04-19T03:36:39Z https://eprints.ums.edu.my/id/eprint/19832/ Computer-based characterization of primate endogenous retrovirus in human genome project Chow, Jia Long Melalui experiment ini, jujukan penuh primate endogenous retrovirus telah dijumpai dari Pangkalan Data projek Genom Manusia. Nombor akses jujukan tersebut ialah gb|AC025420. 26|, dan telah dipancing keluar oleh prob virus monyet Mason-Pfizer. Bit skor untuk gb1AC025420.261 ialah 211 dan Nilai E ialah Ie'].Endogenous retrovirus tersebut terdiri daripada LTR-gag-pol-env-LTR. dengan Jumlah panjang 9289 pasangan bes. Panjang LTR ialah 801 bes. Manakala panjang jujukan bergabung gag-pol-env ialah 7687 bes. Major homologous region di dalam bahagian gag mempunyai motif terpelihara ᵩXQX2EXFᵩXRLX3ᵩ, di mana ᵩ ialah jujukan hidrofobik. Kotak Cysteine- Histidine yang juga dalam bahagian gag mempunyai motif terpelihara CX2CX4HX4C, dan X ialah mana-mana asid amino. Beberapa motif terpelihara terdapat di bahagian pol. seperti motif translcripsi berbalik dengan jujukan W/CNTP, QDLR. KDAFF, LPQG, dan YXDD. Bahagian env mempunyai banyak jujukan asid amino dengan motif NXS/T, yang merupakan isyarat untuk glyeosylation. Daripada pangkalan data Pfam, bahagian gag mempunyai gen yang kod untuk protein gag p10, gag p24, dan jejari zink. Skor bit protein terse but ialah 68.5, 339.9,dan 34.1. E value protein tersebut ialah 9.3e-20, 4.4e-99, dan 5e-07. Bahagian pol mempunyai gen yang kod untuk retroviral aspartyl protease. protein G patch, RnaseH, pengikat zink integrase domain,domain utama integrase, domain pengilcat DNA integrase, dan trameriptase berbalik. Skor bit protein tersebut ialah 24.6, 72.9, 52.5, 61.8, 15J.4, 65.6, and 160.7 .. E value merelca ialah 2.6e-06, 2.5e-20, 2.2e-15, 2Ae-15, 6e-43, 1.6e-16, and 3.8e-45. Di bahagian env, terdapat gen untuk protein gp36 dengan skor bit 62.5 dan E value 1.4e-15. Bahagian LTR yang mengapit jujukan gag-pol-env mempunyai kesamaan sebanyak 99% di antara mereka. Semua keputusan telah disahkan dengan menggunakan beberapa program bioinfomatik, seperti BLAST, ORF Finder, BCM Search Launcher, Pfam, dan BLAST2seq. 2008 Academic Exercise NonPeerReviewed text en https://eprints.ums.edu.my/id/eprint/19832/1/Computer-based%20characterization%20of%20primate%20endogenous%20retrovirus%20in%20human%20genome%20project.pdf Chow, Jia Long (2008) Computer-based characterization of primate endogenous retrovirus in human genome project. Universiti Malaysia Sabah. (Unpublished)
institution Universiti Malaysia Sabah
building UMS Library
collection Institutional Repository
continent Asia
country Malaysia
content_provider Universiti Malaysia Sabah
content_source UMS Institutional Repository
url_provider http://eprints.ums.edu.my/
language English
description Melalui experiment ini, jujukan penuh primate endogenous retrovirus telah dijumpai dari Pangkalan Data projek Genom Manusia. Nombor akses jujukan tersebut ialah gb|AC025420. 26|, dan telah dipancing keluar oleh prob virus monyet Mason-Pfizer. Bit skor untuk gb1AC025420.261 ialah 211 dan Nilai E ialah Ie'].Endogenous retrovirus tersebut terdiri daripada LTR-gag-pol-env-LTR. dengan Jumlah panjang 9289 pasangan bes. Panjang LTR ialah 801 bes. Manakala panjang jujukan bergabung gag-pol-env ialah 7687 bes. Major homologous region di dalam bahagian gag mempunyai motif terpelihara ᵩXQX2EXFᵩXRLX3ᵩ, di mana ᵩ ialah jujukan hidrofobik. Kotak Cysteine- Histidine yang juga dalam bahagian gag mempunyai motif terpelihara CX2CX4HX4C, dan X ialah mana-mana asid amino. Beberapa motif terpelihara terdapat di bahagian pol. seperti motif translcripsi berbalik dengan jujukan W/CNTP, QDLR. KDAFF, LPQG, dan YXDD. Bahagian env mempunyai banyak jujukan asid amino dengan motif NXS/T, yang merupakan isyarat untuk glyeosylation. Daripada pangkalan data Pfam, bahagian gag mempunyai gen yang kod untuk protein gag p10, gag p24, dan jejari zink. Skor bit protein terse but ialah 68.5, 339.9,dan 34.1. E value protein tersebut ialah 9.3e-20, 4.4e-99, dan 5e-07. Bahagian pol mempunyai gen yang kod untuk retroviral aspartyl protease. protein G patch, RnaseH, pengikat zink integrase domain,domain utama integrase, domain pengilcat DNA integrase, dan trameriptase berbalik. Skor bit protein tersebut ialah 24.6, 72.9, 52.5, 61.8, 15J.4, 65.6, and 160.7 .. E value merelca ialah 2.6e-06, 2.5e-20, 2.2e-15, 2Ae-15, 6e-43, 1.6e-16, and 3.8e-45. Di bahagian env, terdapat gen untuk protein gp36 dengan skor bit 62.5 dan E value 1.4e-15. Bahagian LTR yang mengapit jujukan gag-pol-env mempunyai kesamaan sebanyak 99% di antara mereka. Semua keputusan telah disahkan dengan menggunakan beberapa program bioinfomatik, seperti BLAST, ORF Finder, BCM Search Launcher, Pfam, dan BLAST2seq.
format Academic Exercise
author Chow, Jia Long
spellingShingle Chow, Jia Long
Computer-based characterization of primate endogenous retrovirus in human genome project
author_facet Chow, Jia Long
author_sort Chow, Jia Long
title Computer-based characterization of primate endogenous retrovirus in human genome project
title_short Computer-based characterization of primate endogenous retrovirus in human genome project
title_full Computer-based characterization of primate endogenous retrovirus in human genome project
title_fullStr Computer-based characterization of primate endogenous retrovirus in human genome project
title_full_unstemmed Computer-based characterization of primate endogenous retrovirus in human genome project
title_sort computer-based characterization of primate endogenous retrovirus in human genome project
publishDate 2008
url https://eprints.ums.edu.my/id/eprint/19832/1/Computer-based%20characterization%20of%20primate%20endogenous%20retrovirus%20in%20human%20genome%20project.pdf
https://eprints.ums.edu.my/id/eprint/19832/
_version_ 1760229634065039360
score 13.211869