Fpga-Based Accelerator for The Generation of Pseudo-Amino Acid Composition - Ching, Chee Chow (2015)
Pengurangan jurang antara bilangan protein baru yang belum dicirikan dan yang telah dikenali di dalam bank data protein telah muncul sebagai salah satu cabaran terbesar era pasca genomik. Permintaan kian meningkat untuk teknik-teknik yang dapat meramal ciri-ciri protein dengan cekap dan tepat berdasarkan maklumat urutan protein sahaja. Komposisi Asid Amino Pseudo (PseAAC) telah muncul sebagai teknik pemodelan yang berupaya menggabungkan maklumat urutan protein terpilih dalam model diskret. PseAAC telah digunakan secara meluas dalam ujikaji protein melalui pelbagai perisian penjana PseAAC. Oleh sebab penjanaan PseAAC lazimnya melibatkan pemprosesan data berskala besar, tempoh pemprosesan amat penting. Prospek untuk mengurangkan tempoh tersebut terhad kerana proses perisian lazimnya berjujukan. Maka, perkakasan yang boleh diaturcara seperti Field Programmable Gate Array (FPGA) muncul sebagai alternatif baru dengan keupayaan pemprosesan selari yang dapat mempercepat penghitungan PseAAC. Dalam penyelidikan ini, suatu pemecut berasaskan FPGA untuk penjanaan PseAAC telah diperkenalkan. Penjana tersebut terdiri daripada beberapa modul. Untuk mempercepat proses, dua modul yang paling intensif dalam penghitungan, iaitu Sum-of-Small-T dan T-u-minus-20, direka untuk pelaksanaan secara selari. Penjana tersebut direalisasikan melalui FPGA Altera Cyclone III. Proses berjaya dipercepat sehingga 31.5 kali ganda berbanding suatu penjana PseAAC berasaskan perisian Perl. Kesimpulannya, pengurangan tempoh penghitungan yang ketara telah dicapai melalui rekabentuk penjana PseAAC yang menggunakan kebolehan pemprosesan selari FPGA.